\documentclass[../main/SI3_manual]{subfiles}

\begin{document}

% ================================================================
% Chapter 12 -Miscellaneous
% ================================================================

\chapter{Miscellaneous topics}
\label{chap:MIS}
\chaptertoc

\newpage
$\ $\newline    % force a new line

getting started, namelists, configs, ...

\end{document}